玄武门之变后，李世民亲自执政，当然不能完全依靠武德时期的原班人马来进行统治。如何整顿最高决策集团?这是亟待解决的重要问题。

唐高祖时先后有十二位宰相，几乎都是皇亲元勋或者是贵族、士族。其中最受重用的，首推裴寂。裴寂是蒲州桑泉人，据说系“世胄名家，历职清显”。其实，在隋朝时“家贫无以自业”,仅捞了个晋阳宫副监的职务。由于他与李渊友谊颇深，参与起兵密谋，拥有“佐命之勋”,故在武德之朝崇贵无比。

可是，李世民却和他历来有矛盾。晋阳起兵后，发生多次的战略分歧。武德二年，在刘文静事件上又出现过严重的争执。后来，在皇位的激烈争夺中，裴寂公开袒护李建成。因此，唐太宗曾当面斥责他说： “武德之时，政刑纰缪，官方弛紊，职公之由。”当然，把武德朝一切缪误都归咎于裴寂，亦欠公平。但是，裴寂贪于酒色，荒于政事，挑拨离间，制造纠葛，确是事实。

唐太宗处理裴寂问题是很讲究策略的。从形式上看，裴寂还是受到尊重的，贞观元年，食封一千五百户，比所有的功臣都多，居位第一，实际上被剥夺了预议政事的实权。贞观三年，发生沙门法雅案件。据侦查，裴寂和那个心怀“怨望”的法雅有牵连，就被免官，削食邑之半，放归本乡。 “寂表乞住京师，久而不去。太宗大怒。长安令王文谐坐不发遣令，笞三十”。不久，有人扬言“裴公有天分”。裴寂惶惧，竟然唆使他人杀人灭口。

唐太宗知道后，愤怒地宣布裴寂的四大罪状：第一条， “位为三公而与妖人法雅亲密”;第二条， “负气愤怒，称国家有天下，是我所谋”;第三条， “妖人言其有天分，匿而不奏”;第四条， “阴行杀戮以灭口”。最后说， “我杀之非无辞矣。议者多言流配，朕其从众乎。”于是贬流于静州。

武德时宰相中也有支持李世民的，如陈叔达、萧瑀和宇文士及等人。这三位分别出身于陈朝皇族、梁朝皇族及北周宗室，思想上比较守旧，缺乏进取精神。因此，唐太宗即位后，就逐渐地把他们从宰相的职位上调换下来，另作妥善的安置。武德九年七月，罢免出身于隋朝宗室的中书令杨恭仁，由宇文士及接替。同时任萧瑀为尚书左仆射，封德彝为尚书右仆射。

十月，萧瑀和封德彝发生矛盾，愤愤不平。接着又跟陈叔达在殿廷上争吵，声色俱厉。 “瑀、叔达皆坐不敬，免官。”贞观元年六月，封德彝去世，又以太子少师萧瑀为左仆射。九月，中书令宇文士及罢为殿中监。十二月， “左仆射萧瑀坐事免。”总之，萧瑀等重臣已经不能适应新形势的需要，很难胜任宰相的职务了。 “与宰臣参议朝政，瑀多辞辩，每有评议，玄龄等不能抗，然心知其是，不用其言，瑀弥不快。玄龄、魏徵、温彦博尝有微过，瑀劾之，而罪竟不问，因此自失。”

唐太宗虽然罢免了陈叔达，萧瑀等人相职，但仍旧把他们当作德高望重的名臣，以礼待之。例如，时常慰劳陈叔达，重温旧谊。“后坐闺庭不理，为宪司所劾，朝廷惜其名臣，不欲彰其罪，听以散秩归第。”宇文士及“疾笃，太宗亲问，抚之流涕”,死后陪葬昭陵。至于萧瑀，唐太宗称赞他“守道耿介”,后来图形于凌烟阁，拜为太子太保。总之，这些处置有利于封建统治集团内部的一致。

唐太宗整顿决策集团的关键，在于把秦王府旧属和亲信包括从东宫争取过来的杰出人才，提拔到最重要的岗位上，并鼓励他们积极地去治理国事。

武德九年六月，李世民刚立为皇太子，就以宇文士及为太子詹事，长孙无忌，杜如晦为左庶子，高士廉、房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，程知节为右卫率，虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为洗马。这样就组成了以太子世民为首的决策机构。除宇文士及外，无忌和士廉是亲戚，其他都是秦府武将或者“十八学土”,而且大多在玄武门事变中做出过贡献。

同年七月，以高士廉为侍中，宇文士及为中书令，萧瑀为左仆射，封德彝为右仆射，长孙无忌为吏部尚书，杜如晦为兵部尚书.这就为李世民正式即位做了组织上的必要准备。贞观元年，封德彝死后，由长孙无忌补为右仆射。贞观二年正月，无忌自动辞职。杜如晦检校侍中，摄吏部尚书。李靖检校中书令。

同年十二月，又把原东宫旧属王珪提拔到相位上来，守侍中。贞观三年二月，以房玄龄为尚书左仆射，杜如晦为尚书。右仆射，李靖为兵部尚书，魏徵守秘书监，参与朝政。经过几年的调整，至此，唐太宗完成了最高决策集团的重建工作。

贞观时期，尚书令因唐太宗从前担任过，故再也无人拜为此职。尚书左、右仆射就是尚书省最高长官，即左、右宰相。左仆射房玄龄明达政事，右仆射杜如晦引拔士类。 “至于台阁规模，皆二人所定。盖玄龄善谋，如晦能断故也。二人深相得，同心徇国，故唐世称贤相，推房、杜焉。”房、杜为相，共掌朝政，为实现“贞观之治”做出了贡献。